W celu przywrócenia pierwotnego charakteru przyrody na terenie Łyńsko-Zawkrzańskiego SPN zarządza się natychmiastowe wstrzymanie działań degradacyjnych, stopniowe ograniczanie wpływów infrastruktury gospodarczej i docelowo stworzenie w ciągu kilkudziesięciu-kilkuset lat stanu puszczy pierwotnej, oraz kultury rolnej nie oddziałującej negatywnie na lasy, wody, gleby oraz powietrze.
Pierwszoplanowym celem jest zahamowanie wyrębu lasów, ponieważ szkody czynione w ten sposób są praktycznie nieodwracalne i ich przywracanie będzie trwało 90-150 lat.
W wielu rejonach oszczędzono lasy przekraczające wiek rębności i dzięki tym działaniom można będzie wyodrębnić Specjalne Rezerwaty Ścisłe , które staną się ostoją ssaków, ptaków i bezkręgowców.
Kolejnym celem jest stworzenie całkowicie naturalnej dynamicznej równowagi roślinożerców i drapieżników, głównie poprzez wstrzymanie polowań i introdukcję rysia, żubra, niedźwiedzia.
Następnym celem jest ochrona siedlisk podmokłych: torfowisk niskich i dolin rzecznych poprzez likwidację melioracji i deregulację koryt rzecznych. Przy okazji zwiększy się zasobność i czystość rzek i strumieni wypływających z obszaru Parku.
Kolejnym celem siedliskowo- gospodarczym jest zwiększenie czystości i bioróżnorodności pól uprawnych i pastwisk.
Obszar Łyńsko-Zawkrzańskiego Specjalnego Parku Narodowego w większości stanowią małe działki rolne, ale poprawić to należy przez zwiększenie ilości i szerokości miedz, zadrzewienie ich.
Z kolei łąki zamiast koszeń powinny być głównie eksploatowane przez bezpośredni wypas.
Celem ostatecznym istnienia Specjalnego Parku Narodowego będzie brak stosowania środków chemicznych podczas uprawy roślin i zwierząt, całkowity recykling odpadów własnych, oraz okolicznych miast, ujemny bilans emisji dwutlenku węgla. Samowystarczalność energetyczna, wysoki poziom edukacji, zdrowia Społeczeństwa.