Teren Łyńsko- Zawkrzańskiego Specjalnego Parku Narodowego obejmuje tereny pogranicza północnego Mazowsza i południowych części Warmii i Mazur. Generalnie jest on ograniczony drogami pomiędzy Olsztynem, Olsztynkiem, Nidzicą, Mławą, Ciechanowem, Przasnyszem, dolinami Orzyca i Omulwi, Szczytnem, i okolicami Pasymia.
W odniesieniu do ustroju wodnego obejmuje obszary źródliskowe i górne biegi rzek: Łydyni, Sony, Wkry, Łyny, Omulwi, Orzyca, Kośnej, Marózki, obszar pojezierza Olsztyńskiego z wieloma jeziorami.
W celu przywrócenia pierwotnego charakteru przyrody na terenie Łyńsko- Zawkrzańskiego Specjalnego Parku Narodowego będzie natychmiastowe wstrzymanie działań degradacyjnech i antropopresyjnych tak aby docelowo w ciągu kilkudziesięciu lat odnowić naturalne stosunki wodne.
Wszystkie uregulowane cieki wodne, w szczególności Orzyc, Omulew, Płodownica, Walpusza, Czarna, Łydynia zostaną w najbliższym czasie ponownie znaturalizowane, poprzez likwidację wałów, spiętrzeń, jazów i odnowienia meandrów.
Także powiązane z nimi obszary torfowisk niskich zostaną odnowione poprzez zasypanie rowów melioracyjnych, zablokowanie przepustów.
Wspomagane będą tworzenie małych zbiorników retencyjnych, elektrowni wodnych, oczek śródpolnych, odnowienie stawów.
Wspomagana będzie środowiskowo rozbudowa populacji bobra.
W związku z tym cały obszar Łyńsko- Zawkrzańskiego Specjalnego Parku Narodowego zostaje wyłączony z zakresu działań Agencji Wody Polskie, gdyż celem nadrzędnym jest stan, który może zapewnić wyłącznie Rada Specjalnego Parku Narodowego.
Niedozwolone jest także zmienianie, a przede wszystkim obniżanie poziomu rzek i wód gruntowych wszystkich poziomów poza terenem Parku w ten sposób, że wpływać to będzie na system wodny na jego terenie.
ażą się one z wybranym efektem.