W celu zmniejszenia emisji dwutlenku węgla i innych szkodliwych gazów promowany będzie na terenie Specjalnego Parku Narodowego transport publiczny, napęd elektryczny i współdzielenie pojazdów.
Transport lotniczy:
Lotnisko w Szymanach zostanie zamknięte i w porozumieniu z PKP zostaną otwarte dodatkowe szybkie połączenia z Olsztyna i Szczytna do Modlina i Okęcia.
Transport drogowy:
Ograniczeniu ulegnie transport towarowy na drogach przecinających Specjalny Park Narodowy- zakaz wjazdu dla pojazdów o masie powyżej 10 ton, z wyłączenie pojazdów służb ratunkowych, utrzymania infrastruktury i uprzywilejowanych.
Za uzyskane dotacje wznowiona zostanie sieć połączeń osobowych pomiędzy większymi miastami: Olsztynem, Olsztynkiem, Nidzicą, Mławą, Ciechanowem, Przasnyszem, Chorzelami, Wielbarkiem, Ostrołęką i Szczytnem, a miejscowościami gminnymi za pośrednictwem pojazdów o napędzie elektrycznym , gazowym i wodorowym.
Transport kolejowy:
W obrębie Specjalnego Parku Narodowego i na jego granicy znajdują się linie kolejowe Olsztyn- Olsztynek, Olsztynek- Nidzica, Mława- Ciechanów, Parciaki- Wielbark- Szczytno, oraz Szczytno- Pasym- Olsztyn.
Na terenie parku istnieją też nieużywane linie: normalnotorowa Nidzica – Wielbark i wąskotorowa Mława- Przasnysz.
Z uwagi , że transport kolejowy jest najbardziej efektywną i najmniej zanieczyszczającą środowisko formą transportu linie transport na tych liniach zostanie wznowiony, na czynnych liniach wzmożony, wszystkie zostaną zelektryfikowane.
Planowana jest też rozbudowa linii kolejowych wąskotorowych lub normalnotorowych na trasach:
Napiwoda- Szczytyno, Przasnysz – Ciechanów, Parciaki, Chorzele- Mława.